À Rouen, les conditions de détention de la jeune fille se durcirent. Alors qu’elle aurait dû être incarcérée dans une prison ecclésiastique surveillée par des femmes, ce sont des soldats anglais qui la gardèrent.
Le prêtre Jean Massieu, de Rouen, décrivit ainsi ses conditions de détention :
« À la fin de son séjour à Rouen, Jeanne était enfermée dans une pièce située à l’étage intermédiaire de la tour, à laquelle on accédait par huit marches. Il y avait là un lit où elle dormait et un gros bloc de bois auquel était fixée une chaîne de fer pour l’enchaîner. Ses pieds étaient entravés. On la ceinturait à l’aide d’un cadenas posé sur le bloc de bois. Cinq Anglais indignes veillaient sur elle. Ils souhaitaient ardemment sa mort et se moquaient d’elle sans relâche. »
Pendant le procès, Jeanne s’en plaignit à maintes reprises et en rendit l’évêque Cauchon responsable. Elle dut également souvent, surtout la nuit, se défendre contre les agressions de ses gardes.
Avant le début des interrogatoires, des renseignements préliminaires avaient été recueillis à son sujet, notamment à Domrémy et dans les localités environnantes, mais ceux-ci ne servaient pas l’objectif du procès, qui était de la condamner pour sorcellerie. Sa réputation était trop bonne pour qu’on puisse en tirer des éléments à charge. C’était même tout le contraire.
À toutes les étapes de ce procès malheureux, il était évident que tout témoignage pouvant jouer en faveur de Jeanne était étouffé et que toute manifestation de compassion ou de compréhension de la part des participants était immédiatement considérée comme suspecte, voire sanctionnée.
Le dernier confesseur de Jeanne, Martin Ladvenu, a décrit ainsi ses impressions sur le procès :
« J’ai l’impression que certains assistaient au procès par crainte des Anglais et d’autres pour leur faire plaisir. Je sais que Nicolas de Houppeville, le maître, fut jeté en prison royale pour avoir refusé de participer au procès. Je sais aussi que Jeanne n’a reçu aucun conseil juridique pendant la procédure, sauf vers la fin du procès. Personne n’aurait osé la conseiller ou la guider par crainte des Anglais… Ysambert de la Pierre, qui avait un jour l’intention de venir en aide à Jeanne, fut réduit au silence et menacé d’être jeté dans la Seine s’il persistait. »
Il y aurait encore bien d’autres points à ajouter qui soulignent le caractère infamant de ce procès. Jeanne l’a elle-même souligné lors de son interrogatoire à Rouen : de nombreuses questions avaient déjà reçu des réponses et avaient été approuvées par l’autorité ecclésiastique lors de son interrogatoire antérieur, avant le début de sa mission.
Le 21 février 1431 eut lieu la première séance publique du procès de condamnation, présidée par l’évêque Cauchon, le conseiller ecclésiastique Jean d’Estivet, le promoteur du procès Jean de la Fontaine, le magister Jean Beaupère ainsi que quarante‑trois assesseurs, parmi lesquels des abbés, des professeurs, des docteurs et d’autres personnalités ecclésiastiques de haut rang.
Jeanne ne se laissa nullement intimider lors des nombreux interrogatoires qui durèrent des heures devant le tribunal. Encouragée par ses voix à répondre avec courage, elle le fit. Elle, qui n’était pas instruite, se montra sage dans ses réponses et fit remarquer, face à certaines questions, qu’elle souhaitait d’abord consulter ses saints et qu’elle répondrait éventuellement plus tard.
Il n’était pas rare qu’elle étonne certains des présents par sa mémoire de ce qui avait déjà été demandé et répondu. Elle esquivait habilement les pièges qui lui étaient tendus, et ses réponses surprenaient plus d’un par leur justesse théologique.
Les questions du tribunal tournaient sans cesse autour de ses voix, qu’ils auraient volontiers identifiées comme des fantasmes, voire comme des suggestions diaboliques. Ils voulaient lui prouver qu’en portant des vêtements d’homme, elle enfreignait les commandements de Dieu. Jeanne portait des vêtements d’homme depuis qu’elle avait pris ses fonctions militaires. Elle se sentait plus en sécurité dans ces vêtements au milieu des soldats et ils étaient également plus adaptés à son service. On chercha sans cesse à la faire condamner pour ne pas s’être soumise à l’Église, mais cela ne réussit pas. Jeanne était prête à reconnaître l’autorité de l’Église. Cependant, elle ne révéla pas certaines choses destinées au roi et ne renia pas ses voix.
Il s’agissait en fin de compte de prouver que ses révélations surnaturelles étaient l’œuvre du diable, et on tenta de la conduire à confesser qu’elle s’était trompée et à se soumettre à l’Église, qui qualifiait ses révélations de fausses. On lui montra même des instruments de torture. Mais Jeanne ne se laissa pas impressionner et demeura fidèle à ses saints. Elle mit au contraire en garde l’évêque contre les conséquences de ses actes injustes :
« Vous vous dites mon juge. Je ne sais pas si vous l’êtes. » Mais prenez garde de ne pas me juger à tort, car vous vous exposez à un grand danger ; et je vous avertis afin que, si Notre-Seigneur vous punit, j’aie fait mon devoir et vous l’aie dit ! »
Jeanne dut subir six interrogatoires publics, suivis de neuf interrogatoires privés, qui durèrent jusqu’au 17 mars. Elle espérait être libérée par une grande victoire que sainte Catherine lui avait promise, et considérait cela comme une libération de prison.
Jeanne témoigna : « La plupart du temps, mes voix me disaient que je serais libérée par une grande victoire ; ensuite, elles me disaient : « Prends tout sur toi. N’aie pas peur de ton martyre. Tu entreras finalement au paradis !” Elles me l’assuraient sans réserve. J’appelle « martyre » les épreuves et les contrariétés que j’ai subies en prison, et je ne sais pas si j’en subirai davantage ; mais je fais confiance à Notre Seigneur. »
Le procès infâme touchait à sa fin. Les réprimandes se succédèrent, des expertises furent rédigées et douze chefs d’accusation furent dressés. Tous avaient le même but : la jeune fille envoyée par Dieu devait être brûlée comme sorcière !
Pour sa part, Jeanne allait remporter sa plus grande victoire !